Selepas kejatuhan Kesultanan Melayu Melaka dizaman Sultan Mahmud Shah, ramai juga yang tidak mengetahui, kemanakah Kesultanan Melayu Melaka..adakah kesinambungannya dimana-mana, atau ghaib begitu sahaja. Dari kajian lalu, Sistem Kesultanan Melayu Melaka masih berterusan di negeri Perak dan Johor sebagaimana di tunjukkan dalam carta. Pedigre ini menunjukkan bukan sahaja Sultan Perak mewarisi tahap teratas dinasti Kesultanan Tertua Melayu, tapi juga ianya adalah berhubung terus dari salasilah Bendahara yang tersebut dalam Sejarah Melayu.
Sultan Perak mewarisi Sultan Mudzafar Shah, anak lelaki tua Sultan Mahmud yang dihalau oleh Portugis. Sultan Perak juga ketika itu berkata bahawa Sulatn Mudzafar Shah pergi ke Perak kerana ia diarah bagi mengantikan adiknya.
Sultan Muzaffar Shah II mendapat keamanan di Johor. Sultan Muzaffar Shah tidak hidup lama,dan ketua istana melantik anaknya pula Sultan Abdul Jalil sebagai Raja baru. Sultan Abdul Jalil Shah ini masih diserang oleh Portugis yang membakar Johor Lama dan memaksa beliau melarikan diri kehulu sungai dimana tiada kapal bolih memasuki dan menetap di Batu Sawar meninggalkan dua anaknya (Raja Mansur dan Raja Abdullah) dari isteri pertamanya dan tiga anaknya(Raja Hassan, Raja Hussein, Raja Mahmud) dari isteri keduanya. Dklatakan tiga yang terakhirnya menjadi raja Siak, Kelantan dan Kampar. sementara Raja Mansur mengantikan Sultan Johor dengan nama Aleidin Riayat Shah III. Dibawah kuasa Aleidin Riayat Shah III inilah Belanda dan Ingeris datang ke Johor.
